O Centro Educativo surgiu como resposta da Igreja Católica, através da ordem dos Padres Carmelitas, às necessidades dos habitantes da região de Chiquilistagua, que não dispunham de instalações educativas para os seus filhos. Começou com o nome: "Escola Primária Niño Jesús de Praga", cuja aprovação consta da resolução do Ministério da Educação de 16 de fevereiro de 1970.
Em 1990 a congregação religiosa das Carmelitas assumiu a obra social e a 1 de março de 1990 passou a denominar-se: Centro Educativo Niño Jesús de Praga com as modalidades de Pré-escolar, Primário e Secundário. A 14 de janeiro de 2005, em resposta à realidade e à procura dos alunos, abriu como escola pré-escolar, primária, secundária regular e tecnológica.
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