Il Centro educativo è sorto come risposta della Chiesa cattolica, attraverso l'ordine dei Padri Carmelitani, alle necessità degli abitanti della regione di Chiquilistagua, che non disponevano di strutture educative per i loro figli. È nato con il nome di "Scuola elementare Niño Jesús de Praga", la cui approvazione è contenuta nella risoluzione del Ministero dell'Istruzione del 16 febbraio 1970.
Nel 1990 la congregazione religiosa dei Carmelitani ha rilevato l'opera sociale e il 1° marzo 1990 è stata ribattezzata Centro Educativo Niño Jesús de Praga con le modalità di scuola materna, primaria e secondaria. Il 14 gennaio 2005, in risposta alla realtà e alla domanda degli studenti, è stato aperto come scuola materna, primaria, secondaria regolare e tecnologica.
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